Nhánh tư pháp bao gồm Sở tài phán tối cao và bốn cấp tòa dưới: Sở tài phán cao đẳng, Sở tài phán địa phương, Sở tài phán gia đình và Sở tài phán giản dị.[64] Tính độc lập với nhánh hành chính, lập pháp được Hiến pháp bảo đảm, định rằng "sở tài phán đặc biệt không thể thành lập, cơ quan hành chính không thể hành sử quyền tài phán chung thẩm", gọi là phân quyền.[8] Điều 76 Hiến pháp quy định rằng thẩm phán độc lập trong việc hành sử lương tâm và chỉ theo Hiến pháp, pháp luật.[65] Thẩm phán bị miễn chức chỉ bằng đàn hặc công khai, nếu không bằng đàn hặc thì chỉ khi có tuyên bố tư pháp rằng bất lực về mặt thể chất hoặc tinh thần để thực hiện nhiệm vụ.[66] Hiến pháp từ chối quyền kỷ luật thẩm phán của cơ quan hành chính,[66] tuy nhiên thẩm phán Sở tài phán tối cao có thể bị miễn chức theo đa số trong cuộc trưng cầu dân ý, phải tổ chức cùng với cuộc bầu cử Chúng nghị viện đầu tiên sau khi bổ nhiệm và trong cuộc bầu cử mỗi mười năm sau.[67] Việc xét xử phải công khai, việc kết án cũng vậy, trừ phi tòa án "nhất trí rằng tính công khai nguy hại trật tự công cộng hay phong tục lương thiện," nhưng phiên tòa tội chính trị, tội về báo chí và trường hợp quan hệ với quyền lợi hiến định phải công khai.[68] Thẩm phán do Nội các bổ nhiệm có Thiên hoàng chứng nhận, trong khi Trưởng quan Sở tài phán tối cao do Thiên hoàng bổ nhiệm, sau khi được Nội các tiến cử mà trong thật tế theo lời khuyên của cựu Trưởng quan.[69]

Hệ thống pháp luật Nhật do luật Trung Quốc ảnh hưởng trong lịch sử và phát triển độc lập trong Thời đại Giang Hộ, thấy rõ trong những văn kiện như Công sự phương ngự định thư.[70] Tuy nhiên nó thay đổi trong trong thời kỳ Minh Trị Duy Tân và hiện tại đa phần dựa trên luật đại lục châu Âu, cụ thể bộ dân luật theo mô hình Đức vẫn hữu hiệu.[71] Chế độ tài phán viên bắt đầu thi hành gần đây và hệ thống pháp luật hiện tại gồm tuyên ngôn quyền lợi từ ngày 3 tháng 5 năm 1947.[72] Lục pháp lập thành bộ chính của pháp luật Nhật.[71]

Luật thành văn phải được Thiên hoàng dóng dấu bằng Thiên hoàng ngự tỷ (天皇御璽) và không hữu hiệu nếu không có Nội các ký, Thủ tướng phó thự và Thiên hoàng ban hành.[73][74][75][76][77]

Sở tài phán tối cao

Sở tài phán tối cao (最高裁判所) là tòa chung thẩm có quyền xem xét tư pháp, do Hiến pháp định làm "tòa án chung thẩm có quyền xem xét tính hợp hiến của luật, chính lệnh, quy tắc và xử phân."[78] Sở tài phán tối cao cũng đảm nhiệm tiến cử thẩm phán tòa dưới và quyết định thủ tục tố tụng, giám sát ngành tư pháp, hành vi kiểm sát viên và ấn định quy luật nội bộ của thẩm phán, nhân viên tư pháp.[79]

Sở tài phán cao đẳng

Sở tài phán cao đẳng (高等裁判所) có thẩm quyền xét xử kháng cáo phán quyết Sở tài phán địa phương, ngoại trừ tố tụng trong quyền hạn Sở tài phán tối cao. Kháng cáo hình sự do Sở trực tiếp xử lý, nhưng kháng cáo dân sự thì trước tiên do Sở tài phán địa phương xét xử. Có tám Sở tài phán cao đẳng ở Nhật Bản, là Sở tài phán cao đẳng Tokyo, Osaka, Nagoya, Hiroshia, Fukuoka, Sendai, Sapporo và Takamatsu.[79]

Thi thiết kiểu chính

Thi thiết kiểu chính (矯正施設) do Tỉnh pháp vụ quản lý, là một phần hệ thống tư pháp hình sự, đảm nhiệm tái xã hội hóa, cải cách và cải tạo tội phạm. Cục cải huấn của Tỉnh quản lý hệ thống tù người lớn, hệ thống cải huấn thiếu niên và ba khu hướng dẫn phụ nữ,[80] trong khi Cục cải tạo quản lý hệ thống quản chế, tạm tha.[81]